Προσπάθησε νά ἐπιτύχει ἀπό τόν Πατριάρχη Κωνσταντινουπόλεως Παῦλο πού ἀναδείχθηκε τό 641 μ.Χ. καί ἐνῷ ὁ προκάτοχός του Πύρρος δέν εἶχε καθαιρεθεῖ κανονικῶς, νά γίνει ἡ κανονική διαδικασία καί νά ἀποκηρύξει αὐτός τήν «Ἔκθεση». Ὁ Παῦλος ἀρνήθηκε. Ὁ Θεόδωρος τότε τόν κήρυξε ἔκπτωτο καί δέχθηκε εὐμενῶς στή Ρώμη τόν Πύρρο, ὁ ὁποῖος ἀποκήρυξε ἐπίσημα τόν Μονοθελητισμό. Ἀλλά ἡ ἀποκήρυξη τοῦ Πύρρου ἦταν φαινομενική. Πράγματι, αὐτός τήν ἀνακάλεσε, ὅταν ἔχασε κάθε ἐλπίδα ἐπανόδου του στόν πατριαρχικό θρόνο. Γι’ αὐτό, Σύνοδος πού συνῆλθε στή Ρώμη, τόν καταδίκασε σέ καθαίρεση. Ὁ Ἅγιος Θεόδωρος πέθανε τό 649 μ.Χ., ἐνῷ κατ’ ἄλλους τελειώθηκε μαρτυρικά, ἀφοῦ γδάρθηκε ἀνηλεῶς. Ἐνταφιάσθηκε στό ναό τοῦ Ἁγίου Πέτρου καί ἀργότερα τά ἱερά λείψανά του μετακομίσθηκαν στό ναό τοῦ Ἁγίου Στεφάνου (ροτόντα) τῆς Ρώμης.
