Ὁ Ὅσιος Νεῖλος κοιμήθηκε μέ εἰρήνη στίς 12 Νοεμβρίου τοῦ 1651 καί ἐνταφιάσθηκε πλησίον τοῦ σπηλαίου του. Μετά τήν ὁσία ταφή του, μύρο εὐῶδες ἀνέβλυσε ἀπό τόν τάφο του, πού παρεῖχε τήν ἴαση σέ ὅσους ἀσθενεῖς προσέφευγαν ἐκεῖ μέ πίστη.
Ἀργότερα, λόγω ἐδαφικῶν μεταβολῶν, ὁ τάφος τοῦ Ὁσίου ἐξαφανίσθηκε καί παρέμεινε ἄγνωστος γιά πολλά χρόνια. Τό 1815, ὁ Ὅσιος Νεῖλος παρουσιάσθηκε σέ κάποιον μοναχό, πού ὀνομαζόταν Αἰχμάλωτος καί ἀφοῦ τοῦ προεῖπε πολλά μέλλοντα, στήν συνέχεια τόν πρόσταξε νά καταστήσει βατή τόν ὁδό πρός τό σπήλαιό του, γιά νά μεταβαίνουν οἱ μοναχοί νά προσκυνοῦν καί νά λειτουργοῦν τό ναό πού εἶχε ἱδρύσει. Ἀμέσως ὁ μοναχός Αἰχμάλωτος ἀνακοίνωσε στούς ὑπόλοιπους πατέρες ὅσα προστάχθηκαν ἀπό τόν Ὅσιο, αὐτοί δέ ἔσπευσαν μέ προθυμία ὄχι μόνο νά διανοίξουν τήν ὁδό, ἀλλά καί νά οἰκοδομήσουν νέο ναό πρός τιμήν τοῦ Ὁσίου. Κατά τήν ἐκσκαφή τῶν θεμελίων τοῦ ναοῦ, ἀνευρέθη ὁ τάφος του καί τά σεπτά λείψανά του, τά ὁποία ἀνέδιδαν ἄρρητη εὐωδία.

Πηγή: http://www.synaxarion.gr/gr/index.aspx

Ἀπολυτίκιον. Ἦχος δ’. Ταχύ προκατάλαβε.
Ὡς ἄνθη πανεύοσμα, τῆς ἀϊδίου ζωῆς, τά θεῖά σου λείψανα, ἐκ τῶν ταμείων τῆς γῆς, ἡμίν ἀνεφάνησαν· ὅθεν μνείαν τελοῦντες, τῆς εὑρέσεως τούτων, μέλπομεν Πάτερ Νεῖλε, τήν δοθεῖσάν σοι χάριν, δι’ ἧς πᾶσι προστάτης, εὑρίσκῃ θερμότατος.

Κοντάκιον. Ἦχος δ’. Ἐπεφάνης σήμερον.
Τά σεπτά σου λείψανα περικυκλοῦντες, ἐξ αὐτῶν λαμβάνομεν, ἁγιασμοῦ τάς δωρεάς, Μυροβλυτῶν ἐγκαλλώπισμα, Νεῖλε θεόφρον, Ἀγγέλων ὁμόσκηνε.

Μεγαλυνάριον.
Μύρου ἀποπνέοντα τήν ὀσμήν, καί μελλούσης δόξης, ἐκδηλοῦντα τᾶ ἀγαθά, ὤφθησαν τοῖς πᾶσι, τά θεῖα λείψανά σου· διό σε Μυροβλῦτα, Νεῖλε γεραίρομεν.